11 листопада 1991 року установа передана в систему Міністерства охорони здоров’я України з назвою “Український науковий центр радіаційної медицини”

Відповідно до спільного наказу Міністерства охорони здоров’я України та Академії наук України №11/10 від 17 січня 1992 року “Український науковий центр радіаційної медицини” був переданий у їх подвійне підпорядкування

Зі створенням 24 лютого 1993 року Академії медичних наук України установа була передана в її підпорядкування з назвою “Науковий центр радіаційної медицини Академії медичних наук України”

З 1998 року Науковий центр радіаційної медицини має статус центру, який співпрацює з Всесвітньою організацією охорони здоров’я (ВООЗ) в мережі медичної готовності та допомоги при радіаційних аваріях

Указом Президента України № 1039/2011 від 11 листопада 2011 року центру було надано статус національного. З цього часу, його повна назва – Державна установа “Національний науковий центр радіаційної медицини Національної академії медичних наук України” або ж скорочено – ННЦРМ